מצדה היא סיפור של מורשת. אם זו המגלומניה של המלך הורדוס, שהקים ארמונות פאר על צוק במדבר, או סיפור גבורה של קומץ קנאים בימי המרד הגדול ברומאים, שלהם הייתה מעוז האחרון. בשנת 2001 הכריז ארגון אונסק"ו על מצדה אתר מורשת עולמית.
זה הדגם הארכיאולוגי היחיד בפארק אשר שוחזר בחלקו על-מנת להמחיש את אופי הבנייה המקורית.

הארמון הצפוני
הורדוס הקים לו ולמשפחתו ארמון בפאה הצפונית של ההר, על-גבי שלוש מדרגות סלע. במדרגה העליונה נחשפו שרידי קירות עגולים הוא רק אחת מהאפשרויות המוצעות על-ידי הארכיאולוגים. במדרגה התחתונה נמצאו שרידי מבנה מרובע מוקף עמודים ועל קירותיו תמשיחים יפיפיים.

בית-המרחץ
במיטב המסורת הרומית הקים הורדוס בית-מרחץ. בשחזור מוצג חתך של החדר הפושר והחדר החם בו ניתן לראות את מתקני חימום המים והאוויר.
תמשיחי הקיר משוחזרים לפי הממצא הארכיאולוגי ומצביעים על הפאר וההדר של התקופה ההרודיאנית.

בית-הכנסת
בית-הכנסת של מצדה, מהקדומים שנתגלו בארץ הוא מתקופת בית-המקדש השני (ימי הורדוס). המבנה המשוחזר מראה את בית-הכנסת לאחר השינויים שנעשו בו על-ידי הקנאים. בדגם ניתן לראות את אזור הגניזה ברצפת הבניין, שם הוחבאו חלקים מספרי הקודש שהיו בשימוש הנצורים.
הארמון המערבי
המבנה הגדול ביותר במצדה בו התנהלו ענייני הממלכה בזמן שהות הורדוס בהר. בתקופת המצור שימש הבניין למגורי משפחות. ניתן לראות במודל הן את הפסיפסים מימי הורדוס והן את תנורי הבישול והאמבטיות שנבנו ע"י הנצורים.

סוללת המצור הרומית
בראשית המרד הגדול (66 לספירה) נכבשה מצדה בידי מנהיג הקנאים מנחם בן יהודה הגלילי, שהייתה למעוז האחרון בו החזיקו המורדים. בשנת 72, כשנתיים לאחר כיבוש ירושלים (ט' באב, שנת 70) פנה הלגיון הרומי למצדה והטיל עליה מצור שנמשך שנתיים. משכלו כל הקיצין (פסח שנת 73), החליטו מפקדי מצדה ואליעזר בן-יאיר מנהיגם, שעדיף מותם מנפילתם בידי הרומאים. סיפור התאבדותם של 960 מגיני מצדה הובא בספרו של יוסף בן-מתתיהו, "מלחמת היהודים" והך לסמל של גבורה והקרבה.
בזמן המצור בנו הרומאים דייק ומחנות מצור סביב ההר. הסוללה הענקית על המדרון המערבי נבנתה על-ידי הערמת עפר ועצים תומכים, ובאמצעותה העלו הרומאים מכונות מצור שפרצו את חומת המבצר. בדגם ניתן לראות את הלגיונות הרומאים וכלי המלחמה בזמן המצור.